在現行稅收征管制度下，物流業務每分包一次物流業務或在不同分支機構之間轉運一次，就要開一次票。再加上自開票資格限制和抵扣憑證等問題，使企業存在著事實上的營業稅重復納稅問題。
2005年開始實施的物流企業營業稅差額納稅試點，就是為了解決重復征稅、負擔較重的難題，至今已有7批、934家企業納入試點范圍。中國物流與采購聯合會近日發布的調查報告指出，營業稅差額納稅試點工作取得明顯效果，營業稅差額納稅試點企業平均減少納稅額372萬元。這使試點物流企業的稅負大大降低，激發了其發展活力。
今年的《政府工作報告》提出要擴大物流企業營業稅差額納稅差額試點范圍，但是擴大試點面臨一些問題：首先是物流企業的認定問題。由于物流是新行業，目前采取了個別認定的目錄管理方式。經過行業協會推薦，組織專家認定。按照《物流企業分類與評估指標》國家標準，經各級評估機構評估認定的A級物流企業，尚未列入必備條件。其次是試點企業營業稅實際納稅額要求偏高的問題。按照現行認定辦法，物流企業上一年繳納營業稅及其附加不低于100萬元。從這幾年執行情況看，這一門檻相對較高，特別是中西部地區許多物流企業達不到這一標準。第三，還有自開票納稅人的資格問題。按照現行政策規定，試點企業必須具備自開票納稅人資格；自開票納稅資格的認定，必須具有自備車輛。這就把許多物流企業，特別是倉儲型物流企業擋在試點門外。
另外，有些地方對自有車輛的最小總運載量作出限制，使一些有一定自有車輛的企業由于總運載量達不到要求而不能取得自開票資格；取得自開票資格的，有的地方不考慮運輸業務一票到底、分段管理、統一收取價款后再支付給分包單位的特點，根據自有運力限制開票額度；有的地方不管企業的客戶數量，限制每月的開票張數。這些現象的存在，越來越背離物流企業整合社會資源的需要，也限制了物流企業的發展，還增加了稅收監管工作的難度。
該如何推進物流企業營業稅差額納稅試點擴大？業內專家認為，一是要放寬物流企業認定。凡是按照國家標準評估認定的A級物流企業，自動納入稅收試點企業范圍。集團型物流企業取得A級物流企業資質，下屬分、子、控股公司即可適用差額納稅政策。二是放寬自開票納稅人資格的限制。鼓勵物流企業對社會資源進行整合，對租賃達到一定期限的社會車輛也可認定為自有車輛。總部取得自開票資格，分支機構自動認定為自開票納稅人。三是放寬試點企業納稅額限制。將上一年繳納營業稅及其附加不低于100萬元的標準，降低為50萬元。中西部地區物流企業可以在此基礎上，再降低30%左右。四是進一步研究完善和擴大稅收試點的辦法。明確試點企業所屬企業的范圍。界定倉儲業務差額納稅的內涵。推行個體車輛稅收代扣代繳制度。盡快研究解決倉儲、配送和貨運代理等環節與運運輸環節營業稅稅率不統一的問題。
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