1. 受理報檢
1.1貨主或其代理人報檢時應提供以下單證資料
1)入境貨物報檢單。
2)《進境動植物檢疫許可證》(適用于水果、糧食等國家質檢總局規定需要審批的植物及植物產品)、《引進種子、苗木審批單》或《引進林木種子苗木和其它繁殖材料檢疫審批單》(適用于種子、苗木和繁殖材料)。
3)輸出國家或地區官方植物檢疫證書。
4)產地證書。
5)品質證書(適用于糧食等)。
6)衛生證書(適用于糧食、水果等)。
7)貿易合同或信用證及發票。
8)海運提單或裝箱單。
9)代理報檢委托書(適用于代理報檢時用)。
10)農業轉基因生物安全證書或進口轉基因農產品臨時證明(2003年9月20日前)和轉基因產品標識文件(適用于轉基因產品)。
11)其它單證和資料。
1.2受理報檢評審
1.2.1報檢資格審查：報檢人應具備報檢資格。
1.2.2單證的完整性審核：要求上述報檢資料齊全、完整和清晰。
1.2.3單證的有效性審核：審核上述報檢資料簽字、印章、有效期、簽署日期和表述內容等，確認其是否真實、有效。進境動植物檢疫許可證、輸出國家或地區官方植物檢疫證書、衛生證書必須提供原件，必要時需進行驗證。
1.2.4單證的一致性審核：審核入境貨物報檢單、合同或信用證、發票、進境動植物檢疫許可證或農林部門審批單(證)、輸出國家或地區官方植物檢疫證書等單證的內容是否一致，報檢單填寫是否符合規定要求。
1.2.5經審核符合出入境檢驗檢疫報檢規定的，接受報檢。否則，不予受理報檢。
1.3 受理與時限規定
1.3.1入境清關貨物，應在進境前或進境時向入境口岸檢驗檢疫機構報檢，由入境口岸檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫。
入境清關貨物，需調離到指運地實施檢驗檢疫或因口岸條件限制等原因確實無法在入境口岸完成檢驗檢疫的貨物，入境口岸檢驗檢疫機構可辦理相關調離手續，并將貨物流向的有關信息(通關單流向聯或電子轉單信息)通知指運地檢驗檢疫機構，由指運地檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫。
1.3.2入境轉關貨物，除國家質檢總局特殊規定和進境動植物檢疫許可證及檢疫審批要求在入境口岸實施檢驗檢疫的，應由指運地檢驗檢疫機構受理報檢并實施檢驗檢疫。
1.3.3大宗散裝貨物、易腐爛變質貨物、廢舊物品、疫區貨物由入境口岸受理報檢。
1.3.4輸入種子、種苗及其他繁殖材料的，應當在入境前7天報檢。
2. 現場檢驗檢疫
2.1 核查貨證是否相符，制定植物檢驗檢疫方案。
2.1.1審核報檢單證，確認貨證是否相符。
2.1.2根據國家植物檢驗檢疫規定及輸出國家或地區疫情發生情況，制定檢驗檢疫方案。
2.1.3確定現場檢驗檢疫時問、地點、人員。
2.2 現場檢驗檢疫
2.2.1檢查運輸工具及集裝箱底板、內壁及貨物外包裝有無有害生物，發現有害生物并有擴散可能的應及時對該批貨物、運輸工具和裝卸現場采取必要的防疫措施。
2.2.2檢查貨物有無水濕、霉變、腐爛、異味、雜質、蟲蛀、活蟲、土壤和鼠類等，情況嚴重的，應對現場進行拍照或錄像。
2.2.3檢查植物性包裝材料、鋪墊材料是否符合我國進境植物檢疫要求。
2.3 按規定抽取樣品，需進行實驗室檢驗檢疫的，應填寫送樣單并及時將樣品連同現場發現的可疑有害生物一并送實驗室檢驗檢疫。
3. 實驗室檢驗檢疫
3.1 植物檢疫
3.1.1對送檢的樣品和現場發現的可疑有害生物，分別情況并按生物學特性及形態學特性, 進行檢疫鑒定。
3.2 安全衛生檢驗(繁殖材料除外)
對抽取的樣品按衛生標準及國家有關規定進行安全衛生項目檢驗。
3.3 品質檢驗
列入《實施檢驗檢疫的進出境商品目錄》的進口植物及其產品，按照國家技術規范的強制性要求進行檢驗；尚未制定國家技術規范強制性要求的，可以參照國家質檢總局指定的國外有關標準進行檢驗。未列入目錄的進出口商品申請品質檢驗的，按合同規定的檢驗方法進行，合同沒有規定檢驗方法的按我國相關檢驗標準進行檢驗。
3.4 樣品保存
由實驗室保存，一般樣品保存6個月(易腐爛的樣品除外)，需對外索賠的保存到索賠期滿方可處理。
4. 結果評定與出證
4.1 檢驗檢疫合格的
檢驗檢疫結果符合要求的，出具《入境貨物檢驗檢疫證明》、《衛生證書》或《檢驗證書》。
4.2 檢驗檢疫不合格的
4.2.1發現我國進境植物檢疫危險性有害生物(一、二類)、潛在危險性有害生物、政府及政府主管部門間雙邊植物檢疫協定、協議和備忘錄中訂明的有害生物、其它有檢疫意義的有害生物的，出具《檢驗檢疫處理通知書》；報檢人要求或需對外索賠的，出具《植物檢疫證書》。
4.2.2安全衛生檢驗不合格的，出具《衛生證書》。
4.2.3品質檢驗不合格的，出具《檢驗證書》。
4.3 有分港卸貨的，先期卸貨港檢驗檢疫機構只對本港所卸貨物進行檢驗檢疫，并將檢驗檢疫結果以書面形式及時通知下一卸貨港所在地檢驗檢疫機構，需統一對外出證的，由卸畢港檢驗檢疫機構匯總后出證。
4.4 需要隔離的種子、苗木、繁殖材料，按繁殖材料檢驗檢疫工作程序實施隔離檢疫。
5. 復驗
報檢人對檢驗檢疫機構的檢驗結果有異議，可向原檢驗檢疫機構或其上級檢驗檢疫機構申請復驗。
6. 檢驗檢疫處理
6.1 對檢疫不合格且有有效檢疫除害處理方法的，在檢驗檢疫機構監督下進行檢疫除害處理。
6.2 對檢疫不舍格且無有效檢疫除害處理方法的，作退運或銷毀處理。
6.3 安全衛生項目或品質檢驗不舍格的，按有關規定進行處理。
7. 檢驗檢疫監管
7.1 檢驗檢疫機構對進境植物及其產品的裝卸、運輸、儲存、加工過程實施監督管理，并對種子、苗木、繁殖材料的隔離檢疫過程實施監督管理。
7.2 裝卸、運輸、儲存、加工單位在入境口岸檢驗檢疫機構管轄區內的，由入境口岸檢驗檢疫機構負責監管，并做好監管記錄。
7.3 運往入境口岸檢驗檢疫機構管轄區以外的，由指運地檢驗檢疫機構負責對其裝卸、運輸、儲存、加工過程進行監管，入境口岸檢驗檢疫機構應及時通知指運地檢驗檢疫機構。
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